Colombia es uno de los países más diversos del mundo, y como región biogeográfica, la cuenca del río Magdalena presenta una enorme variedad y diversidad de ecosistemas. Más de 13.000 especies de flora y más de 3.000 de fauna son un vivo testimonio de dicha. ¿Qué ha hecho esto posible? Millones de años de historia geológica, la extraordinaria variedad climática propia de la cordillera de los Andes, los innumerables ecosistemas de la cuenca, la diversidad de suelos y condiciones de humedad, entre otros factores.
Sin embargo, fenómenos como la deforestación y la explotación incontrolada de los recursos, el desecamiento de las ciénagas y los humedales, la introducción de especies foráneas ─los hipopótamos son solo un caso extremo─, la contaminación de las aguas y del aire, y, en general, el impacto de la intervención humana en los ritmos naturales de los ecosistemas, están poniendo en peligro a muchas de estas especies. Algunos casos emblemáticos son el bagre rayado, endémico de la cuenca, el mono araña café o marimonda del Magdalena, el manatí y el paujil, que pueden desaparecer en muy corto tiempo si no se adoptan medidas urgentes para protegerlos.
Aves

Colombia alberga el 20 % de las especies de aves del mundo, 1.863 de las 9.700 existentes, lo cual significa que una de cada cinco especies de aves es colombiana. La cuenca del río Magdalena, con su gran diversidad de hábitats, ofrece una inmensa variedad de aves. En los páramos habita el cóndor de los Andes (Vultur gryphus) o el águila de páramo (Geranoaetus melanoleucus); en la zona de bosque alto andino vive el águila crestada (Spizaetus isidori) que comúnmente se alimenta de micos y de guacharacas de alta montaña. En las tierras bajas y medias encontramos los centros endémicos de aves más importantes de la región. Tanto el Magdalena como el Cauca son corredores de migración de las especies que llegan al país desde el hemisferio norte.
Mamíferos

Los mamíferos cumplen una función destacada en la estabilidad y la conservación de los ecosistemas donde habitan, tanto por el control poblacional que realizan como por su función en la polinización, la dispersión de semillas y los ciclos de los nutrientes. Colombia es el sexto país en el mundo en cuanto a diversidad de mamíferos, con 543 especies. En la cuenca del Magdalena podemos destacar cuatro grupos: el primero corresponde a los roedores (ratas y ratones); el segundo son los mamíferos arborícolas, entre ellos los perezosos, los erizos y algunos marsupiales; también se incluyen en este grupo los primates o micos, muchas de cuyas especies están en peligro de desaparecer debido a la deforestación que sufre la cuenca; el tercer grupo corresponde a los mamíferos voladores (los murciélagos o chímbilos) y el cuarto grupo es el de los felinos.
Reptiles

A este grupo pertenecen los Chelonios (tortugas), los Crocodylia (caimanes y babillas), los Escamados (saurios y lagartos) y los Ofidios (serpientes). Se cree que este fue el primer grupo en el que apareció el huevo amniótico, una estructura reproductiva que protege a los embriones. Hoy existen evidencias de que el huevo amniótico implicó una evolución hacia la fecundación interna, para la cual los machos requirieron de un órgano genital con el cual llevar el semen al interior del cuerpo de las hembras. Puestos los huevos, la hembra los entierra en un lugar húmedo, al abrigo de la luz directa, y luego los abandona. Otra característica de los reptiles es que carecen de mecanismos internos para regular su temperatura, por lo que es común verlos asoleándose inmóviles sobre el suelo o las rocas calientes.
Anfibios

En la cuenca del Magdalena se encuentran tres órdenes principales de anfibios: los Anura (ranas y sapos), los Caudata (salamandras) y los Gymnophiona (cecilias o ciegas). Se distribuyen en todos los departamentos y en todas las alturas, excepto en las nieves perpetuas, y habitan diferentes tipos de medios: acuáticos, terrestres, fosoriales (es decir, que viven bajo la tierra) y arborícolas, principalmente. Son muy sensibles a los cambios ambientales debido a que, a través de su piel, absorben tóxicos provenientes de insecticidas, fungicidas o productos agroquímicos. También se ven afectados por la destrucción de su hábitat, ocasionada por la tala de bosques, el drenaje de los suelos, las inundaciones o la contaminación de las fuentes hídricas.
Peces

En la cuenca del Magdalena se han contabilizado 233 especies de peces, el 68 % de las cuales son endémicas, y alrededor de cien están amenazadas. Gran número de peces, incluidos el bocachico, el bagre rayado, el nicuro, el capaz y el blanquillo, son migratorios, es decir, viajan entre las ciénagas, la corriente principal del Magdalena y los caños y tributarios del río en su proceso de reproducción. Al descender el nivel de las aguas, con la disminución de las lluvias, los peces salen de las ciénagas y remontan el río para desovar en los afluentes. Una vez aumentan las lluvias y suben las aguas, las larvas son transportadas por la corriente y llegan a las ciénagas donde continúan su desarrollo. Tal es el origen de la conocida “subienda”, que proporciona a los pescadores artesanales gran abundancia de peces. De todas las cuencas hidrográficas del país, la del Magdalena es la más vulnerable.