Entre los principales aportes al conocimiento del manejo de plantas en la región del Cauca medio se encuentran las investigaciones académicas y las publicaciones científicas de Francisco Javier Aceituno en coinvestigación con un grupo de expertos como Nicolás Loaiza, Jordi Tresserras, Alexis Jaramillo, Neila Castillo, Lina Vélez y Verónica Lalinde liderados desde la Universidad de Antioquia; y las de Carlos Eduardo López y Martha Cecilia Cano desde el Laboratorio de Ecología Histórica y Patrimonio Cultural de la Universidad Tecnológica de Pereira. Fernando Montejo y Elkin Rodríguez (2001) desde los proyectos de infraestructura analizan antiguas formas de labranza en el río Otún en Risaralda; Camilo Rodríguez realizó su tesis doctoral para la Universidad Nacional de Colombia sobre agricultores prehispánicos en el Quindío y en una escala más amplia, es necesario mencionar los aportes de Ruth Dickau y sus análisis en Panamá y Colombia, allí hace contribuciones para la interpretación arqueobotánica en la región del Cauca medio, también estudia restos arqueobotánicos en una zona de Pereira (Risaralda) conocida como Canaán donde identifica restos arqueobotánicos de maíz (Zea mays), yuca (Manihot esculenta), sagú (Marantácea, cf.), lerén (Calathea sp.) y batata (Ipomoea batatas). Por su parte, Mercado et al. (2015) presentaron un estudio sobre la flora palinológica en el río San Eugenio en Santa Rosa de Cabal, Risaralda. Los estudios de Gaspar Morcote (2006) en el suroccidente colombiano suman importantes elementos para el análisis regional.
Los arqueólogos especializados en arqueobotánica en Colombia entregan un significativo conocimiento desde los años ochenta con investigaciones lideradas por Thomas van der Hammen, Gerardo Ardila, Dolores Piperno del Smithsonian Tropical Research Institute; Gonzalo Correal de la Universidad Nacional de Colombia, Marianne Cardale como investigadora independiente, Ruth Dickau desde Temple University y más recientemente, por la profesora Sonia Archila desde la Universidad de los Andes y Cristóbal Gnecco de la Universidad del Cauca en Popayán. Los datos y las interpretaciones que han hecho sobre el tema en sus distintos territorios de estudio son indispensables para la comprensión de los datos obtenidos en el ámbito regional, las interpretaciones, conclusiones y análisis a partir de evidencias adquiridas en el Cauca medio parten de una mirada comparativa a escala americana.
En los últimos cinco años se vienen desarrollando proyectos de arqueología preventiva en el Eje Cafetero en el marco de procesos de infraestructura, en especial la concesión vial Pacífico Tres, desde la cual el equipo de arqueología ha encontrado múltiples restos arqueológicos que están en proceso de entrega a entes académicos de la región para su estudio, lo que abrirá un universo de datos arqueobotánicos que aportarán a la discusión y comprensión del pasado milenario del Cauca medio y de las relaciones ser humano-naturaleza.
