El ferrocarril fue la primera opción de transporte para movilizar mercancías entre el océano Atlántico-Mar Caribe y el Pacífico hasta que se construyó el Canal de Panamá, que seguía casi la misma ruta de la carrilera.
La primera vez que se planteó la idea de construir un ferrocarril en Santa Marta fue en 1848. En 1872, un año después de que entrara en funcionamiento la línea Barranquilla-Sabanilla, el proyecto contó con el apoyo de comerciantes locales, y del gobierno del Magdalena. Solo hasta 1881 se protocolizó un contrato celebrado entre el Estado Soberano del Magdalena y los empresarios Roberto Joy y Manuel Julián de Mier, para construir el ferrocarril de Santa Marta a Cerro de San Antonio, a orillas del río Magdalena. La empresa, denominada Compañía del Ferrocarril de Santa Marta, radicada en Nueva York, se encargó de construir, equipar y explotar una vía férrea. El contrato fue aprobado por el presidente de la República de entonces, el cartagenero Rafael Núñez, y por el Congreso Nacional, mediante la Ley 53 de 1881.
El ferrocarril llegó a las poblaciones de Sevilla el 2 de julio de 1894 y a Fundación el 22 de enero de 1906, logrando construir solo 95 kilómetros. No alcanzó al río Magdalena, pero sí atravesó toda la Zona Bananera de norte a sur, pues fue el sitio escogido por la empresa norteamericana United Fruit Company para establecer su campamento del que aún hoy se conservan algunas construcciones, aunque en mal estado.
Tras el vencimiento del contrato con la compañía bananera, el Estado le otorgó el nombre de Ferrocarril del Magdalena. Tendría esta denominación desde 1933 hasta 1947 cuando pasó a la red nacional. En 1961 se integraría al Ferrocarril del Atlántico. En la actualidad la concesión la tiene la empresa Ferrocarriles del Norte de Colombia - Fenoco, quien inició la operación regular del Tren Santa Marta - La Dorada con carga de exportación en 2019.