Sala 1
Está dedicada a los procesos de intercambio indígena, los elementos y alcances de ese intercambio, el uso precolombino del oro y los medios utilizados por los españoles para apoderarse del metal sagrado.
Sala 2
Ilustra el instante en el que entran en contacto con el mundo español y el mundo indígena del siglo XVI.
Sala 3
Abarca el primer periodo de acuñación de monedas hechas en el Nuevo Reino, entre 1621 y 1756. Son de rara apariencia por su forma irregular, producto de una tosca manufactura martillada. De manera alegórica se expone el tesoro del Mesuno (hallado en un islote del rio Magdalena cerca a Honda), que constituye un importante testimonio de los doblones de esta Casa de Moneda, primera que acuña oro en América.
Salas 4 y 5
En ellas se muestran las monedas circulares o de cordoncillo, emitidas en Santafé a partir de 1756 y, entre éstas, las llamadas morrocotas, que son las piezas de oro más grandes. Una maqueta interactiva de un molino de laminación ilustra la mecanización de nuestros procedimientos de amonedación a mediados del siglo XVIII, época en la que la Casa de Moneda de Popayán inicia sus labores. Entre las piezas de plata que se exhiben hay una que se considera prácticamente única en Colombia: la de 8 reales de 1762 (patacón y peso son sinónimos de esta denominación).
Sala 6
Además de la imponente prensa de acuñación de la sala anterior, en ésta el visitante encuentra una muestra representativa de la maquinaria utilizada en la Casa durante distintas épocas, maquinaria que puede verse en funcionamiento en la demostración de los pasos básicos del proceso de amonedación.