En 1988, el Banco de la República recibió en comodato la colección de objetos etnográficos conformada durante más de veinte años en la Amazonia colombiana por la Orden de Hermanos Menores Capuchinos y antes expuesta en el Museo Etnográfico de la Prefectura Apostólica del Amazonas. Ese mismo año, el Museo Etnográfico del Banco de la República abrió sus puertas en Leticia (Amazonas) para contribuir a la divulgación del pasado y el presente de las culturas indígenas contemporáneas. Veinte años después, en 2008, la colección etnográfica fue entregada generosamente como donación definitiva al Banco de la República, y en 2013 el Museo actualizó sus contenidos científicos y amplió los temas y la exhibición con una museografía renovada.
La colección se exhibe en la sala etnográfica Fray Antonio Jover Lamaña, en referencia al misionero capuchino que conformó la colección desde 1965. La renovada exposición está centrada en más de un centenar de objetos representativos de tres de los más de cincuenta grupos étnicos que habitan la Amazonia colombiana: los uitotos, los yukunas y los ticunas. Los objetos de la cultura material nos introducen al sentido de las plantas sagradas entre los uitotos, de las celebraciones rituales entre los yukunas y de los ritos de paso entre los ticunas, como un acercamiento inicial a la complejidad de la vida y el pensamiento de los indígenas.