Una alianza de ex bolivarianos y ex santanderistas en el Congreso eligió en 1835 a José Ignacio de Márquez como vicepresidente de la República y más tarde -en 1837- como presidente. En ambas ocasiones su contendor fue José María Obando, candidato del partido santanderista. Aunque el santanderismo llegaría incluso a un alzamiento armado para combatirlo, Márquez sería el primer presidente civil en terminar su período de gobierno en la historia republicana de Colombia.
Márquez dio inicio a su gestión con medidas conciliatorias hacia el santanderismo, por lo cual mantuvo en su puesto a la mayoría del gabinete del general Santander y a casi todos los gobernadores de las provincias. Sin embargo, la creciente oposición del partido santanderista y las presiones de los ministeriales -el partido de gobierno- llevaron a Márquez a desplazar paulatinamente a los santanderistas de la administración pública y a reemplazarlos por ministeriales.
A un año de iniciada la administración de Márquez los santanderistas ya habían abandonado el gabinete, y los ex bolivarianos Pedro Alcántara Herrán y Tomás Cipriano de Mosquera habían pasado a ocupar los dos más importantes ministerios. Pese a que la mayor parte de los gobernadores de provincia eran aún santanderistas, este partido asumió que el fortalecimiento de los antiguos bolivarianos a nivel del gabinete de Márquez anunciaba el reinicio de la vieja confrontación con los "dictatoriales", por lo que agudizó su oposición al gobierno y se aprestó a la lucha.
A los pocos días de que el general Mosquera fuera nombrado secretario de Guerra, en julio de 1838, La Bandera Nacional, el periódico del general Santander, publicó una serie de artículos de Florentino González donde se revivía la vieja consigna del federalismo, nunca agitada durante la administración Santander, y las cámaras de provincia santanderistas empezaron a dirigir memoriales al Congreso pidiendo la reforma de la Constitución en un sentido federalista. Quedó así anunciado el programa de la próxima confrontación bélica entre los partidos.
Guerra de los Conventos
En mayo de 1839, el Congreso determinó suprimir los conventos menores de Pasto, que apenas albergaban a unos pocos monjes ecuatorianos, y destinar sus rentas a la instrucción pública de esa provincia. La oposición a esta orden produjo el 30 de junio siguiente la insurrección de la ultracatólica población de Pasto, en un movimiento que, aunque levantó banderas federalistas, estaba en realidad azuzado por el general Juan José Flores, gobernante del Ecuador, y por la Sociedad Católica de Bogotá, surgida un año antes como expresión política de los sectores más conservadores del país.
El partido santanderista condenó la sublevación de Pasto y ofreció al presidente sus servicios para combatirla. Los santanderistas esperaban que Márquez nombrara al general José María Obando para pacificar a Pasto, dado que el ascendiente de este caudillo sobre esa provincia lo convertía en la persona más indicada para aplacar a los sublevados. Con ello el prestigio de Obando se consolidaría y este servicio a la patria lo capitalizaría en las elecciones presidenciales del año siguiente.
El presidente Márquez nombró, sin embargo, al general Pedro Alcántara Herrán como comandante de la fuerza militar encargada de sofocar el alzamiento, con lo que destinó los laureles de esta acción militar a aprestigiar más bien a un importante personero del partido de gobierno. Obando, con el fin de evitar que su amistad con los principales cabecillas de la insurrección de Pasto dieran pie para que se le sindicara de la autoría intelectual de la misma, abandonó el Cauca y se dirigió a Bogotá con el objeto, según dijo, de que el gobierno pudiera vigilar de cerca su conducta.
En este punto intervino la fatalidad, o el maquiavelismo político, para hacer que una sublevación religiosa en una provincia se convirtiera en una guerra nacional por el federalismo, conocida con el nombre de guerra de los Supremos.
Juicio a Obando, un detonante
El 31 de agosto de 1839 el general Herrán derrotó en Buesaco la fuerza principal de los sublevados de Pasto, con lo cual se consideró -erróneamente- sofocada la rebelión cristera. La persecución de los reductos de sublevados condujo a la captura de José Erazo, ex guerrillero obandista famoso porque en su casa pernoctó el mariscal Antonio José de Sucre la víspera de morir asesinado en 1830. Eraso apoyaba ahora las fuerzas del gobierno, pero también informaba de sus movimientos a los guerrilleros pastusos. Según la versión oficial, cuando el doble juego de Erazo se descubrió, éste creyó que se le apresaba a causa de su participación en el asesinato de Sucre nueve años atrás, y sin más confesó los pormenores del magnicidio.
Según la versión del gobierno, Erazo denunció como cómplice del asesinato de Sucre al comandante Antonio M. Alvárez, jefe militar de las fuerzas pastusas recién derrotadas por Herrán en Buesaco, y al general José María Obando como el autor intelectual del mismo. Con base en las declaraciones de Erazo, un juez de Pasto dictó orden de captura contra Obando, el más opcionado candidato del partido de oposición para las elecciones presidenciales del siguiente año.
Obando abandonó entonces Bogotá, donde había sostenido hacía poco un duelo con su viejo enemigo el general Mosquera, secretario de Guerra del gobierno Márquez, y se dirigió a Pasto con la intención, según afirmó, de afrontar el juicio a que se le llamaba. Al llegar a Popayán encabezó sin embargo una corta rebelión contra el gobierno de Márquez, de la que desistió a los pocos días tras un acuerdo con Herrán, con lo que reanudó su viaje a Pasto dispuesto a encarar el juicio por el asesinato de Sucre.
Fue así como en 1840, año de elecciones presidenciales, se inició con el más opcionado candidato presidencial de la oposición afrontando un juicio por homicidio en Pasto. ¿Fue este un montaje del gobierno de Márquez, y en particular de sus ministros Herrán y Mosquera, contra Obando y el santanderismo? Imposible saberlo. Lo cierto es que el "oportuno" descubrimiento de los asesinos de Sucre y el consiguiente juicio a Obando vino a constituir el detonante de la guerra de los Supremos a partir del momento en que la muerte de Santander en mayo de 1840 convirtió a Obando en el jefe máximo de la oposición, y en que este caudillo decidió escapar de Pasto (julio de 1840) e iniciar una insurrección para eludir un juicio que le cerraba las vías legales hacia la Presidencia de la República.
La intervención ecuatoriana y la guerra
La certeza de que la rebelión de Obando se generalizaría a todo el país si no era derrotada de inmediato, llevó a Márquez a autorizar la invitación de Herrán al presidente Flores del Ecuador para que enviase un ejército en ayuda del gobierno neogranadino. Flores accedió, pues estaba interesado en que Obando fuera castigado por el asesinato de Sucre, lo cual lo eximía a él de la acusación de haber sido el verdadero autor intelectual del magnicidio, mucho más cuando Herrán le ofreció que su ayuda sería recompensada con la cesión de territorios neogranadinos al Ecuador, y cuando Obando anunció en una proclama que el objetivo de su rebelión era "el renacimiento de [la Gran] Colombia bajo un sistema federal" que uniría de nuevo al Ecuador con la Nueva Granada, y llamó al pueblo ecuatoriano a unirse a esta causa y a "castigar a ese monstruo [Flores] que os tiene como esclavos".
Las fuerzas combinadas de Flores y Herrán derrotaron a Obando en Huilquipamba, en una victoria pírrica para el gobierno de Márquez, pues el partido de oposición invocó la intervención ecuatoriana y los compromisos que ella implicaba para el gobierno de Márquez, para dar inicio a una sublevación general, justificada además con el argumento de que el juicio a Obando y la invitación a Flores a entrar a la Nueva Granada había sido un montaje del gobierno para realizar las elecciones presidenciales en condiciones de perturbación del orden público, y poder decidir en favor de los antiguos bolivarianos el resultado de las urnas.
Fue así como desde el mismo día en que el ejército ecuatoriano cruzó la frontera, los caudillos santanderistas comenzaron en todo el país pronunciamientos militares que dieron inicio a la guerra de los Supremos. Una tras otra se sucedieron las sublevaciones de los principales jefes regionales de la oposición: se insurreccionaron Manuel González en El Socorro, José María Vezga en Mariquita, Juan José Reyes Patria en Sogamoso y Tunja, el padre Rafael María Vásquez en Vélez, Francisco Farfán en Casanare, Salvador Córdova en Antioquia, Francisco Carmena en Ciénaga y Santa Marta, Juan Antonio Gutiérrez de Piñeres en Cartagena, Lorenzo Hernández en Mompós y Tomás Herrera en Panamá. Los caudillos sublevados proclamaron que sus provincias se segregaban de la Nueva Granada y se constituían en Estados Soberanos, asumieron los títulos de Jefes Supremos de los mismos y juraron que se reintegrarían al país sólo cuando éste se organizara en una forma federal. De las veinte provincias de la Nueva Granada, doce quedaron totalmente en manos de la revolución, cuatro fueron ocupadas parcialmente por los rebeldes y en las cuatro restantes el gobierno mantuvo un precario control, a excepción de Bogotá, que, como en la época de la lucha de Nariño contra los federalistas, rodeó en forma casi unánime al gobierno.
La suerte de las armas favoreció al principio a los rebeldes. El 29 de septiembre de 1840, el mismo día en que Obando era derrotado en Huilquipamba, Reyes Patria y González vencieron en La Polonia, cerca a Socorro, a la única tropa regular con que contaba Márquez para dominar la revolución en el interior del país -el resto del ejército estaba en la campaña de Pasto-. Esta victoria acrecentó el prestigio de las fuerzas revolucionarias, cuyas filas aumentaron desde entonces día por día. González se proclamó Jefe Supremo del Estado libre e independiente formado por las ex provincias de Socorro, Tunja, Pamplona, Vélez y Casanare, y se dirigió con su ejército a tomar Bogotá. El presidente Márquez dio por hecho que los federalistas tomarían la capital, por lo cual entregó el gobierno al vicepresidente Domingo Caycedo y emprendió la huida hacia el Cauca en busca de la protección de la tropas de Herrán y Mosquera, mientras prometía a sus ministros que regresaría al frente de las mismas a rescatar la capital. Si el presidente caía en manos de los revolucionarios, la causa de la legitimidad estaría perdida: tal fue la consideración que hizo Márquez a sus ministros.
El presidente llegó a Popayán el 24 de octubre (1840), casi al mismo tiempo que Juan José Neira derrotaba a las tropas federalistas de González en el combate de La Culebrera, cerca a Bogotá. Neira había llegado a Bogotá el mismo día que el presidente la abandonaba, y en menos de dos semanas había organizado un ejército con el apoyo entusiasta de los capitalinos, con el que pudo detener el avance de los rebeldes en La Culebrera. Esta victoria inesperada permitió el regreso de Márquez, no sin antes asegurarse de que las fuerzas de Herrán y Mosquera siguieran muy de cerca sus pasos.
Epílogo de la guerra
La revolución federalista de 1840-41 -la guerra de los Supremos- llevaba en su interior el germen de su propia ruina. Los sublevados no pudieron dar unidad política y militar a su causa, a lo cual contribuyó la derrota de Obando al principio de la guerra, el único caudillo que tenía prestigio nacional entre las fuerzas rebeldes. El presidente Márquez dejó la defensa del gobierno en manos de Mosquera y Herrán, quienes consiguieron batir al detal a las fuerzas de la revolución. La recompensa para estos generales sería la Presidencia de la República, la cual ocuparon inmediatamente después.
Márquez terminó su período de gobierno de manera bastante lánguida en medio de la guerra. El pueblo de Bogotá nunca le perdonó su huida a raíz del suceso de La Polonia, y dos meses antes de que entregara la Presidencia le hizo saber que los capitalinos defendían en la guerra la legitimidad, mas no al presidente. Fue así como el 9 de febrero de 1841 ocurrió en Bogotá la Gran Pueblada, cuando una muchedumbre se tomó las calles para protestar por la orden de un juez de liberar a los presos políticos de la oposición. La multitud apedreó las casas de importantes personajes del gobierno y de la oposición, entre ellas la casa del presidente Márquez. El país sólo volvió a elegir un mandatario civil en 1857, dieciséis años después de que Márquez dejara el poder.